"Olsenbanden jr på Cirkus" utspiller seg på Oslos beste østkant rundt 1960. Rocken er kommet til landet sammen med bananene.

Egon Olsen sitter i husarrest på barnehjemmet etter en ikke helt vellykket westerninspirert aksjon. I kjent stil pønsker han på nye kupp, og på hvordan han skal få tilbake den beslaglagte spretterten sin.

Egon har funnet ut at barnehjemsbestyrer Sigvald Pettersen – sammen med sin kone Mathilde og sin bror Thorvald – har tenkt å sabotere Cirkus Flamingo for å overta det. Bestyreren drømmer om å bli sirkusdirektør og løvetemmer, Mathilde om å bli cirkusets dronning, og Thorvald – som alt er klovn – er lei av at alle ler av han. De har lagt en djevelsk og guffen plan som involverer Biffenbanden og en farlig bombe i en rød koffert. Derfor må Egon klekke en plan slik at Kjell, Benny og Dynamitt-Harry kan hjelpe han å sabotere sabotasjen. Men når Harry er ukonsentrert, Benny vimsete, Kjell har totalkræsj på Valborg – og hun truer med å gå på Cirkus med Biffen i stedet – da nytter det ikke om det er aldri så taima og tilrettelagt. Når politiene Holm og Hermansen så begir seg på musefiske i stedet for skurkefangst får sirkusbandittene stort spillerom. Olsenbanden havner i et halsbrekkende kappløp for å redde Cirkus Flamingo, med Biffenbanden, skurkene og politiet i hælene.

Den nye Olsenbanden junior består av; Robert Opsahl, 13 år, som spiller Kjell, Ola Høgåasen Mæhlen, 13 år, som spiller Egon og Ole Martin Wølner, 13 år, som spiller Benny.